生物農藥與化學農藥相比，其有效成分來源，工業化生產途徑，產品的殺蟲防病機理和作用方式等諸多方面，有著許多本質的區別。生物農藥更適合于擴大在未來有害生物綜合治理策略中的應用比重。概括起來生物農藥主要具有以下幾方面的優點。

選擇性強，對人畜安全

市場開發并大范圍應用成功的生物農藥產品，它們只對病蟲害有作用，一般對人、畜及各種有益生物(包括動物天敵、昆蟲天敵、蜜蜂、傳粉昆蟲及魚、蝦等水生生物)比較安全，對非靶標生物的影響也比較小。

對生態環境影響小

生物農藥控制有害生物的作用，主要是利用某些特殊微生物或微生物的代謝產物所具有的殺蟲、防病、促生功能。其有效活性成分完全存在和來源于自然生態系統，它的最大特點是極易被日光、植物或各種土壤微生物分解，是一種來于自然，歸于自然正常的物質循環方式。因此，可以認為它們對自然生態環境安全、無污染。

誘發害蟲患病

一些生物農藥品種(昆蟲病原真菌、昆蟲病毒、昆蟲微孢子蟲、昆蟲病原線蟲等)，具有在害蟲群體中的水平或經卵垂直傳播能力，在野外一定的條件之下，具有定殖、擴散和發展流行的能力。不但可以對當年當代的有害生物發揮控制作用，而且對后代或者翌年的有害生物種群起到一定的抑制，具有明顯的后效作用。

可利用農副產品生產加工

目前國內生產加工生物農藥，一般主要利用天然可再生資源(如農副產品的玉米、豆餅、魚粉、麥麩或某些植物體等)，原材料的來源十分廣泛、生產成本比較低廉。因此，生產生物農藥一般不會產生與利用不可再生資源(如石油、煤、天然氣等)生產化工合成產品爭奪原材料.